Kirken er bygget i middelalderen. Der er en række fine romanske billedkvadre indsat rundt om i kirkens mure. Prædikestol af Hans Gudewerth er udført i sen-renæssancestil ca. 1635. Altertavlen stammer oprindelig fra Tranekær kirke og er udført i 1644 af Lorentz Jørgensen.

Billedkunster Maja Lisa Engelhardt har i 2005 skabt to kontrastfyldte glasmosaik-vinduer til Stoense Kirke. Som i andre af kunstnerens værker har hun formået at skabe spænding mellem lys og mørke, vildskab og ro. Kunstværkerne er skænket af Ny Carlsberg Fondet.

Stoense sogn har 205 indbyggere, hvoraf 170 er medlemmer af folkekirken. (1.1.2016)